Local Zotero, MinerU, Obsidian literature workflow with transactional Analysis notes.
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Documentation Overview
Obsidian Vault MCP
面向科研文献工作流的本地 MCP 服务：以 Zotero 管理来源，以 MinerU 提取全文，以 Obsidian 沉淀文献、Wiki 与结构化 Analysis，并通过 Skills 让 AI Agent 按可追溯流程工作。
English · 完整安装教程 · 开发文档 · 更新日志 · 贡献者
架构
项目不绑定大模型供应商。MCP Tools 负责确定性的本地数据操作，Skills 负责把工具编排成可复用的科研工作流。
核心功能
- 稳定文献身份：以 Zotero 父条目
zoteroKey作为主键。 - Zotero 导入与同步：支持单篇、Collection、notes、annotations、BibTeX、存储附件和链接附件。
- MinerU 全文解析：将 PDF 规范化为 Markdown，每篇文献使用独立图片目录和相对链接。
- Obsidian 文献库：自动维护
Literature/index.md、Literature/Literature.base、主笔记、PDF、全文和 Wiki。 - 结构化研究层：支持
full_read、literature_review、passage_qa、figure_qa、concept五类 Analysis。 - 统一数据库视图：
Literature/Analysis/Analysis.base提供 9 个视图。 - 科研 Skills：内置
paper-qa、full-read、passage-qa、figure-qa、compare-papers、literature-review、concept-learning。 - 安全写入：支持 dry-run、staging、锁、备份、原子替换、事务预览和回滚。
- 版本可验证：
literature_version返回当前版本、31 个工具、7 个 Skills 和五类 Analysis。 - 多客户端接入：支持 Codex、Claude Code、OpenCode、Pi、Hermes 和 WorkBuddy。
效果展示
文献目录
Literature Index
多篇文献形成的可追溯 Wiki
展开效果图
安装
3.0.2 已正式发布，要求 Python 3.10+。以下公开安装命令现已可用。
uv（推荐）
无需持久安装：
pipx / pip
MCP Registry
等价的 stdio 配置：
首次配置
目标目录必须是已由 Obsidian 打开过的 Vault，并包含 .obsidian/。
启动 Zotero Desktop 并启用本地 API：
链接附件配置：
MinerU 解析：
规范产物：
Agent 与插件安装
客户端名称可替换为 claude、opencode、pi、hermes 或 workbuddy。
| 客户端 | 安装内容 |
|---|---|
| Codex | 原生 marketplace 插件、MCP 和 7 Skills |
| Claude Code | 原生 marketplace 插件、MCP 和 7 Skills |
| OpenCode | 项目本地 MCP 和 7 Skills |
| Pi | 薄 TypeScript Extension |
| Hermes | MCP 配置 |
| WorkBuddy | MCP 配置 |
GitHub Release 中的离线插件包：
Skills
| Skill | 工作流 |
|---|---|
paper-qa | 单篇快速问答，默认不写入 Vault |
full-read | 单篇完整精读并保存 full_read |
passage-qa | 定位具体段落、方法、数据或结论 |
figure-qa | 解读图、表、Scheme 和方程 |
compare-papers | 对用户选定论文建立可比性矩阵 |
literature-review | 对文献池进行主题化综述 |
concept-learning | 跨文献建立概念模型 |
正式工具面
| 分组 | 数量 |
|---|---|
| 版本、系统与配置 | 5 |
| Zotero | 6 |
| 导入与同步 | 4 |
| MinerU | 3 |
| 导航与校验 | 3 |
| Analysis | 5 |
| Wiki | 3 |
| 事务 | 2 |
| 合计 | 31 |
发布一致性
3.0.2 必须同时出现在 Python 包、运行时 __version__、MCP Registry server.json、Codex/Claude 插件清单、Pi 包、Git Tag v3.0.2、GitHub Release 和 PyPI 中。Release workflow 会校验版本、Tag 和产物身份，构建 wheel、sdist、插件 ZIP，执行测试与 handshake，并生成 SHA256SUMS。
安全边界
- 所有写操作先 dry-run，再提交并保存
transactionId。 - 不要提交 Vault 绝对路径、Zotero 数据目录、MinerU token 或其他凭据。
- MinerU 可能把 PDF 发送到外部服务，使用前确认授权和组织政策。
- 推荐本地
stdio；SSE/HTTP 必须放在可信认证边界之后。 - 事务备份不替代独立的 Vault 备份。
贡献者
感谢 方珸 / Lym Fang (@LimFang) 提出 Zotero 链接附件兼容方案。完整记录见 CONTRIBUTORS.md。
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